披衣菌感染导致不孕症或子宫外孕

    ·急性期的直接伤害：披衣菌引发的子宫颈炎，子宫内膜炎，输卵管炎与卵巢发炎，由发炎反应直接导致组织的损伤。

    ·隐形的慢性杀手：由于披衣菌感染通常没有症状，因为不易发现也就常未治疗，长期的发炎反应导致输卵管阻塞，输卵管水肿或骨盆腔沾连。

    ·顽强的病原体：披衣菌是细胞内寄生的病菌，若未接受彻底的治疗，常有持续且无症状的感染，即使是体内的细胞防御机转已经启动，披衣菌仍能在这些吞噬细胞内继续造成续发性的影响，根据1994年的报导，批衣菌能够在如巨噬细胞内存在，引发免疫的反应。即使在接受抗生素的治疗后，仍能在骨盆腔沾连组织中侦测出披衣菌的DNA。

    ·可怕的免疫反应与免疫记忆功能：

        “热休克蛋白质”（Heat shock protein,HSP）是人体内一种重要的蛋白质，可以称之为“细胞内的守护者”（Intracellular housekeeping protein），其功能在于帮助细胞内其它蛋白质的合成、利用与输送，在细胞快速生长与分化时，例如胚胎分裂，早期怀孕，发炎或毒性反应时，热休克蛋白质的产量会明显增加。根据医学报导，热休克蛋白质是胚胎生成（Embryogenesis）时第一种产生的蛋白质。

        热休克蛋白质根据不同的分子量及引发性，可细分为“热休克蛋白质60”（Heat shock protein 60 kDa， HSP60）， “热休克蛋白质70”（HSP70）与“热休克蛋白质90”（HSP90）等等。

        由于披衣菌抗原中的“热休克蛋白质60”（HSP60） 与人类本身的“热休克蛋白质60”之氨基酸序列（amino acid sequence） 有百分之四十八相同，所以当披衣菌感染时，同时也会诱发人类“热休克蛋白质60”的基因转录与表现（Gene transcription & expression）， 因此人类的免疫系统会对于自己体内的HSP60产生“自体免疫”（Autoimmunity） 的抗体，表现型态如Anti-HSP60。在HSP60基因转录时，也被证实可以诱发体内“单核吞噬细胞”（Mononuclear phagocytic cell）的活性；另外，内皮细胞（Endothelial cell）与细胞免疫系统如T淋巴球等防御系统，也都业已证实会被活化。

        由于人体的免疫系统具有记忆功能，能够在重复感染的情况之下，大量且迅速地产生免疫反应，所以于重复或持续性的披衣菌感染时，组织的破坏也就不可避免，其破坏的程度远超乎想象，输卵管病变与子宫外孕的发生率当然明显上升。

        接受“试管婴儿”与“胚胎植入”等不孕症治疗的过程中，也是细胞快速生长与分化的时刻，此时若有不良的免疫反应，其成功率会明显下降，即使怀孕成功，早期流产的机率也明显增加。